В древности территорию Уганды населяли пигмеи. В первых веках н. э. на территории страны стали селиться племена банту. С XI века с севера и северо-востока стали приходить нилотские племена.
В XVI веке стало доминировать нилотское племя луо, страна стала называться Уньоро. На побережье озера Виктория в XVIII веке возникло феодальное государство Буганда, к середине XIX века ставшее довольно сильным государством в регионе Центральной Африки.
Первые европейцы появились на территории нынешней Уганды в 1860-х годах. В 1862 году в Буганду прибыла экспедиция англичанина Дж. Спика. Он обратил «короля» (по-местному — кабаку) Буганды Мутесу в христианство. Затем там появился известный путешественник Генри Мортон Стэнли. С его подачи кабака пригласил в страну христианских миссионеров. Проповедники-англикане прибыли в 1877 году, однако уже в 1879 за ними последовали и французские миссионеры-католики. В то же время на территории нынешней Уганды активизировали свою деятельность и мусульманские проповедники. Новый молодой кабака Буганды — Мванга — попытался прогнать из страны и христианских, и мусульманских проповедников, однако это привело лишь к началу религиозных войн, продолжавшихся с 1888 по 1892 годы.
