Небогатый, но знатный дворянин Магеллан в 1492-1504 гг. служил пажом в свите португальской королевы. Изучал астрономию, навигацию и космографию. В 1505-13 гг. участвовал в морских сражениях с арабами, индийцами и маврами, показал себя храбрым воином, за что получил чин морского капитана. В 1513 г. он участвовал в карательной экспедиции против марокканского султана. Во время этого похода Магеллан был ранен и остался хромым на всю жизнь. Несмотря на верную службу королю, он прозябал в бедности. Из-за ложного обвинения ему отказали в дальнейшем повышении по службе и, подав в отставку, Магеллан в 1517 г. переехал в Испанию. Перейдя на службу к королю Карлу I, он предложил проект кругосветного плавания.
Молодой и энергичный Карл V был полон решимости положить конец португальскому морскому владычеству и хотел иметь собственный путь к пряностям. 22 мая 1518 г. был подписан договор, по которому все открытые земли становились испанскими колониями, а Магеллан — их наместником и правителем с правом передачи титулов наследникам. Он также получал двадцатую часть всех прибылей.
20 сентября 1519 г. пять небольших кораблей — «Тринидад», «Сан-Антонио», «Сантьяго», «Консепсион» и «Виктория» с экипажем в 265 человек вышли в море. При пересечении Атлантики Магеллан использовал свою систему сигнализации, и разнотипные корабли его флотилии ни разу не разлучились. В конце декабря он достиг Ла-Платы, около месяца обследовал залив, но прохода в Южное море не обнаружил. 2 февраля 1520 г. Магеллан пошел на юг вдоль атлантического побережья Южной Америки, двигаясь лишь днем, чтобы не пропустить вход в пролив. На зимовку он стал 31 марта в удобной бухте у 49° южной широты. В ту же ночь начался бунт на 3-х кораблях, вскоре жестоко подавленный Магелланом. Посланный весной на разведку корабль «Сантьяго» разбился о скалы, но команду удалось спасти. 21 октября вошли в узкий извилистый пролив, позже названный именем Магеллана. На южном берегу пролива мореплаватели видели огни костров. Магеллан назвал эту землю Огненной землей. Через месяц с небольшим пролив (550 км) был пройден тремя кораблями, 4-ый корабль «Сан-Антонио» дезертировал и вернулся в Испанию, где капитан оклеветал Магеллана, обвинив его в измене королю.
28 ноября Магеллан с оставшимися тремя кораблями вышел в неизвестный океан, обогнув Америку с юга по открытому ими проливу. Погода, к счастью, оставалась хорошей, — и Магеллан назвал океан Тихим. Почти 4 месяца продолжалось очень трудное плавание, когда люди питались сухарной пылью, смешанной с червями, пили гнилую воду, ели воловьи кожи, древесные опилки и корабельных крыс. Начались голод и цинга, многие умирали. Магеллан, хоть и был невысокого роста, но отличался большой физической силой и уверенностью в себе. Пересекая океан, он прошел не менее 17 тысяч км, но встретил лишь два островка — один в архипелаге Туамоту, другой в группе Лайн. Он также открыл два обитаемых острова — Гуам и Рота из группы Марианских. 15 марта экспедиция подошла к большому Филиппинскому архипелагу. С помощью оружия решительный и отважный Магеллан заставил правителя острова Себу подчиниться испанскому королю.
В роли покровителя крещеных им туземцев Магеллан вмешался в междоусобную войну и был убит в стычке у острова Мактан. Правитель Себу пригласил часть экипажа на прощальный пир, вероломно напал на гостей и убил 24 человека. На трех судах осталось всего 115 человек — людей не хватало, и судно «Консепсион» пришлось сжечь. 4 месяца корабли блуждали в поисках островов пряностей. У острова Тидоре испанцы купили дешево много гвоздики, мускатного ореха и др. и разделились: «Виктория» с капитаном Хуаном Элькано двинулась на запад вокруг Африки, а «Тринидад», нуждавшийся в ремонте, остался. Капитан Элькано, боясь встречи с португальцами, держался значительно южнее обычных путей. Он первым прошел в центральной части Индийского океана. 6 сентября 1522 г. «Виктория» с 18 людьми на борту завершила «Кругосветку», длившуюся 1081 день. Позже возвратились еще 12 членов экипажа «Виктории», а в 1526 г. — пятеро с «Тринидада». Продажа привезенных пряностей с лихвой покрыла все затраты на экспедицию.
Так закончилось первое кругосветное плавание, которое доказало шарообразность земли. Впервые европейцы пересекли самый большой из океанов — Тихий, открыв проход из Атлантики. Экспедиция выяснила, что значительно большую часть поверхности земли занимает не суша, как думали Колумб и его современники, а океаны. Воинственный и тщеславный Магеллан получил много ран, одна из них сделала его хромым. Его сын умер в 1521 г. Жена, родившая второго ребенка мертвым, скончалась в марте 1522 г. Именем Магеллана названы пролив и два звездных скопления (Большие и Малые Магеллановы облака), которые описал историограф и участник экспедиции Антонио Пифачетта.